왕자 타미노는 폭군 자라스트로가 밤의 여왕의 딸, 파미나를 납치해갔다는 사실을 전해 듣고 파미나를 구하기로 결심한다. 이때 여왕은 타미노에게 마술피리를, 동행자인 새잡이 파파게노에게는 요술종을 건넨다. 그리고 여왕은 밤중에 파미나를 찾아가 자라스트로를 죽이라고 살인을 교사하지만 실패하고, 타미노는 자라스트로가 밤의 여왕의 말과는 달리 의로운 철학자라는 사실을 알게 된다. 타미노는 침묵 수행, 불과 물의 시련을 통과하여 그 일원이 되기 위해 노력한다.