맨 인 블랙은 우주의 비밀을 지키기 위해 수행된 정부 최고 조직이다. 그들은 비밀리에 모든 일을 수행하며 오로지 검은 옷을 입고 활동한다. 뉴욕 경찰인 제임스 에드워드는 용의자를 추적하다 외계인의 존재를 알게 된다. 제임스 에드워드도 맨 인 블랙의 요원이 되면서 지구로 찾아오는 나쁜 외계인들을 막아내는데 한몫을 하게 된다.