음모는 더 거대해지고, 액션은 더 거칠어졌다! CIA의 극비 프로그램 트레드스톤에 의해 '제이슨 본'을 능가하는 최정예 요원으로 훈련받은 '애론 크로스'(제레미 레너). ‘제이슨 본’에 의해 트레드스톤의 존재가 세상에 알려질 위기에 처하자 비상 대책팀의 ‘바이어’(애드워드 노튼)는 각국의 모든 1급 요원들은 물론, 트레드스톤 프로그램을 가장 잘 알고 있는 연구원 ‘마르타’(레이첼 와이즈)를 제거해 모든 증거를 없애려 한다. 조직의 거대한 음모의 표적이 된 ‘애론 크로스’는 ‘마르타’와 함께 목숨을 건 반격을 시작하는데...