출구 없는 섬, 누군가 사라졌다. 범죄자들이 수용된 정신병원과 등대만이 존재하는 섬 ‘셔터 아일랜드’. 탈출이 불가능한 그 섬의 정신병원은 일반병동과 위험도가 높은 환자들이 수감된 격리병동으로 이루어져 있다. 어느 날, 일반병동에서 한 환자가 흔적도 없이 사라지고, 조사를 위해 연방보안관 ‘테디 다니엘스’와 그의 파트너 ‘척 아울’이 ‘셔터 아일랜드’로 파견된다. 실종자의 방에서 의미불명의 쪽지를 찾은 ‘테디’와 ‘척’은 병원 곳곳을 조사하며 그 의미를 찾으려 하지만, 병원관계자들은 무언가를 숨기고 있는 듯한 묘한 분위기를 풍긴다. 그러던 중 갑작스런 폭풍이 섬을 덮치고, 그들은 외부의 어떤 도움도 받을 수 없는 상태로 섬에 갇히고 마는데…