위험한 미션들을 무사히 수행한 후 평화롭게 우주를 항해하던 거대 함선 엔터프라이즈호. 최첨단 기지에서 재충전의 시간을 가지려던 중 엔터프라이즈호와 대원들은 정체를 알 수 없는 존재로부터 사상 최대의 공격을 당한다. 예상치 못한 공격으로 인해 엔터프라이즈호는 순식간에 붕괴 되고, ‘커크’ 함장(크리스 파인)을 비롯한 대원들은 뿔뿔이 흩어져 낯선 행성에 불시착하게 된다. 멈추지 않는 적의 공격, 함선과 팀원, 모든 것을 잃은 엔터프라이즈호 대원들은 절체절명의 위기에 빠지게 되는데…! 준비는 끝났다! 사상 최대의 반격이 시작된다!