한 순간 부모를 잃고 혼자가 되어 이모부 '아치볼드'(콜린 퍼스)의 대저택에 보내진 고집불통 소녀 '메리'(딕시 에저릭스). '아치볼드'는 '메리'에게 그녀의 방 외에는 허락없이 들어가지 말라고 경고하지만 호기심 많은 '메리'는 남몰래 저택을 돌아다니다 오랫동안 감춰져 있던 비밀의 문을 발견한다. 그 너머엔 지금껏 본 적 없는 신비롭고 아름다운 정원이 숨겨져 있었는데... 굳게 닫힌 정원의 문이 열리는 순간 마법 같은 일들이 펼쳐진다!