조는 모리타 사범이 휴가여행을 떠나자 일본 닌자의 마지막 혈통인 그의 조카 히로를 맡아 닌쥬쓰를 전수하라는 명령을 받는다. 그러나 말썽꾸러기 히로에게 닌쥬쓰를 전수할 겨를도 없이 조는 여자친구 리사가 납치당하자 그녀를 구하러 간다. 화학자인 리사의 아버지가 발명한 살충제를 생화학 무기로 사용하려는 메네주엘라 군당국과 이를 계기로 거금을 챙기려는 굴룩 박사가 협박하려는 수단으로 리사를 이용하려는 것이다. 조는 몰래 비행기에 숨어든 히로를 동행하고 글록의 앞잡이인 닌자를 무찌르고 리사를 구출하는데 성공한다.