"살고싶다면 걷지말고 뛰어!" 731부대의 비밀프로젝트를 손에 넣기 위한 쫓고 쫓기는 추격전이 시작된다! '자살신드롬'으로 불리는 연쇄살인사건이 전편에서 동시다발로 발생하고 사건을 조사하던 필립과 청하는 행방이 묘연하다. 한 편, 위기해 처한 청하에게 결정적인 단서를 전달했던 청년경찰 재혁은 일본의 경찰과 미국에서 급파된 킬러에게 영문도 모른 채 쫓기는 신세가 된다. 재혁은 일방적으로 전화를 걸어오는 어느 여성의 정보에 의지해 위기를 모면하지만 상황이 진전될 수록 자신의 의지와는 상관없이 점차 사건의 중심으로 다가가게 되고... 같은 시각 북한 평양의 한 병원에서는 죽은 시체의 세포가 되살아나는 기현상을 발견한 여의사가 당국에 쫓겨 남한으로 내려오게 되는데... 과연 청년경찰 재혁이 갖고 있는 사건의 열쇠는 무엇일까? 미국에서 급파된 냉혹한 일본인 킬러는 왜 그를 쫓는 것일까? 일본의 외사경찰은 왜 한국의 ‘자실신드롬’을 조사하는 것일까? 북한은 왜 일본군 비밀프로젝트의 진실을 숨기려 하는 것일까? <13일의 금요일:음모론의 시작>에 이은 속편! <악의제국: 13일의금요일 챕터2>가 시작된다.