북극에 있는 네르프의 기지 베타니아 베이스에서 발굴된 제3 사도를 양산형 5호기로 쓰러뜨리는 마키나미 마리 일러스트리어스. 일본에서는 시키나미 아스카 랭글리와 에바 2호기가 도착해 제7 사도를 격멸한다. 그리고 제8 사도가 위성 궤도상에서 날아와 네르프 본부를 습격한다. 한편, 기동실험 중인 에바 3호기가 제9 사도에 납치되고, 요격에 나선 신지는 그 안에 타고 있는 것이 아스카라는 것을 알고 전율한다. 겐도는 초호기의 제어를 더미 시스템으로 전환해, 3호기와의 전투를 시작하는데…….