여성밖에 반응하지 않는, 세계 최강의 병기 <인피니트 스트라토스(Infinite Stratos - IS)> 예전의 병기로 결정된 각국의 군사력의 파워 밸런스가 무너져 남존여비가 바뀌고 10년 만에 여존남비가 당연하게 된 세계. 주인공인 오리무라 이치카는, 자신이 입시 시험장을 착각하여 들어간 IS조종자 육성 학교 〈IS학원〉의 시험 회장에서 남자인데도 IS를 기동하는 데 성공하게 된다. 그 때문에 그는 IS 학원에 강제 입학 하게 되는데..주위에 있는 반 친구, 선생님 등 관계자들은 모두 여자밖에 없는 이 IS학원에 입학하게 된 오리무라 이치카는 여학생들의 관심을 한 몸에 받으며 다사다난한 일상을 보내게 된다.