어느 날, 카스카베에 새로운 정장(町長)으로 임명된 욘센마모루, 신 짱은 유치원에서 욘센마모루가 진행하는 쓰레기 줍기를 하다 강가에서 이상한 케이스를 발견해 집으로 가져온다. 그러나 그 케이스에 든 약품을 마신 엄마 미사에와 아빠 히로시. 미사에와 히로시의 얼굴은 동물로 변하고 한술 더떠 이상한 조직이 출몰해 신 짱 일가, 그리고 같이 있던 친구들까지 모조리 잡아간다. 그들은 'Save Keeping Beautiful Earth' 라는 조직. 욘센마모루는 그 조직의 리더로 인간 동물화 계획을 세우는 중이었다. 제조된 액체를 미사에와 히로시가 마셔 버렸으므로 추출을 해야 한다는 것. 하지만 일은 심각해진다. 친구들도 액체를 마셔 버린 것. 신 짱은 SKBE 조직에 대항하는 여자 '빅토리아' 를 만나 이야기를 듣는다. "액체를 마신 자는 점점 외형 뿐 아니라 마음 속까지 동물화 되어버리지.니가 가도 너희 부모님은 널 알아볼 수 없으니 쓸데없는 짓이지." 빅토리아는 이런 말을 남기고 떠나버렸지만 절대로 신 짱을 설득하는 건 불가능했다. 엄마 아빠를 되찾을 의무를 지닌 신 짱은, 여동생 히마와리와 강아지 시로, 친구들과 함께 빅토리아를 몰래 뒤따라가 SKBE 조직의 발자취를 찾아내려 한다.