톰과 제리가 유명 액션 모험 애니메이션 조니 퀘스트와 만났다! 톰과 제리가 조니 퀘스트와 그의 친구 핫지와 함께 세계를 구하기 위한 비밀스런 스파이 미션에 들어간다! 어느 날 해변에서 평소처럼 티격태격 다투던 톰과 제리는 유명한 스파이 조니 퀘스트와 핫지, 그리고 그들의 강아지 밴디트를 만난다. 조니의 아버지와 그의 보디가드 레이스 배논을 구하러 길을 떠나는 조니 퀘스트와 친구들. 세계 에너지 문제를 해결할 수 있는 장비를 개발한 조니의 아버지 닥터 벤튼 퀘스트가 악랄한 닥터 진의 고양이 부대에 납치됐기 때문이다. 톰과 제리는 조니와 친구들과 함께 조니의 아버지와 세계를 구하기에 나서는데…