작고 평화로운 마을 트윈픽스에 테레사 뱅크스라는 금발의 소녀 시체가 강으로 떠내려 온 사건을 수사하기 위해 FBI 특별수사관 데스몬드와 샘이 파견된다. 그런 어느날 2년 전 어느 소녀의 살인 사건을 수사하다 실종된 잔 FBI 수사요원 필립이 본부에 나타나 사건의 불길한 징조를 암시하고 유령처럼 사라진다. 때를 같이해 수사관 데스몬드가 실종되었다는 소식이 날아든다. 1년 후 트윈픽스 마을에 사는 미의 여왕인 여고생 로라 팔머는 겉으로 보기엔 밝고 명랑한 소녀처럼 보이지만 12살때부터 실체를 알 수 없는 밥이라는 괴한에게 성폭행 당해 온 자신을 학대하듯 마약과 혼음에 몸을 던지는 이중생활을 하고 있다. 로라는 어느날 자신의 일기장중 두 장이 찢겨나간 것을 발견하고 구체적으로 다가오는 밥의 실체를 느끼며 공포에 떤다.