지우와 피카츄 일행은 여행 중 ‘무엇이든 소환할 수 있는 링’을 가진 환상의 포켓몬 후파를 만난다. 이때, 사막마을 데세르시티에서는 과거 마을을 파괴한 강력한 포켓몬을 봉인했던 ‘굴레의 항아리’에 사악한 기운이 흐르기 시작하고…! 결국, ‘굴레의 항아리’를 열고 분노의 힘으로 되살아난 검은 그림자!! 검은 그림자는 포켓몬계의 최강 파워를 자랑하는 전설의 포켓몬들을 소환해 마을을 위협하기 시작하는데!! 서서히 모습을 드러내는 검은 그림자의 정체는? 지우와 친구들은 과연 후파와 함께 데세르시티를 구할 수 있을까?! 포켓몬 극장판 사상 초유의 배틀이 지금 시작된다!